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东汉在今保山设永昌郡，亦属益州部，对云南的统治进一步深入，中国在云南西部地区的疆域已大体奠定。[13]中央王朝继续向云南移民，到东汉末年，汉族移民已在云南形成巨大势力。为控制汉族移民，边郡官员在移民中选拔和培植一批“豪族大姓”。中平元年184年黄巾起义爆发，云南大姓聚众称雄，割据一方。
魏晋时期
魏晋南北朝时期，今云南、贵州和四川西南部被称为“南中”。三国时南中部分奴隶主贵族据地自雄，诸葛亮率大军渡泸，平定南中，并调整郡县建置。
晋朝泰始七年271年，改置宁州。太康三年282年，复省入益州，置南夷校尉。太安二年303年，复置宁州。东晋咸和八年333年，李雄派李寿率兵攻占南中，李寿被封为“建宁王”，爨琛为交州刺史。咸康四年338年，分置安州。咸康五年339年，爨琛降晋，晋王朝封爨琛为宁州刺史，并承认其世袭地位，从此汉族豪族爨氏统治云南400年。[14]
汉晋时期，有较多的移民进入云南，所形成的小聚居区，主要在郡县治地与交通沿线。[15]这时云南广泛使用铁器，实行移民屯田，滇中、滇东北等地出现了新的封建生产关系的因素。
南北朝，梁大同年间，改置南宁诸州，承圣末年，云南成为西爨与东爨之地。[13]
隋唐宋时期
主词条：南诏国、大理国
隋代消除割据势力，云南重新置于中央政府的直接统治之下，唐初继之，基本上恢复了汉晋时期的郡县规模。隋开皇十七年597年，复开南中，仍置南宁州，领羁縻数十州，后又领于益州都督府。
唐武德元年618年，设南宁州，后改为南宁都督府；武德七年624年，设雟州都督府；贞观六年632年，复置戎州都督府；麟德五年664年，设姚州都督府。[12]在云南建立了一大批羁縻府州，唐朝未能在云南实行屯垦戍边的政策。唐朝主要采用羁縻政策，依靠当地的酋长夷帅建立统治。[14]
开元二十六年738年，洱海地区的蒙舍诏部落首领、皮罗阁兼并五诏，建立南诏国，被唐朝赐名“归义”，皮罗阁封为云南王，南诏时期的疆域东接贵州，西抵伊洛瓦底江，南达西双版纳，北接大渡河；东南界今越南，西南界今缅甸；西北与吐蕃为邻，东北与戎州相望的广阔疆域。南诏内修制度，筑拓东城。次年建都太和城。天宝元年742年，置戎州督羁縻三十六州。天宝九年750年，南诏占领云南全境，称臣吐蕃，僭国号曰大蒙。
唐朝对南诏占据爨地十分不满，双方发生争执与冲突。唐朝调动大军先后在泸南和西洱河地区对南诏发动了两次大的征讨，结果惨遭失败。贞元十年794年，唐朝与南诏在点苍山结盟，南诏背弃吐蕃回归唐朝。唐朝以南诏为“云南安抚使司”，由剑南西川节度使兼任“云南安抚使”。[14]
南诏建立后，大规模移民，把20余万户白蛮迁至永昌地区，把乌蛮自山林深谷迁至西爨故地。[12]
879年，郑买嗣杀南诏王建大长和。光化四年901年，郑买嗣夺位，自立为王，改国号大长和。后唐天成三年928年，杨干贞建大义宁。后晋天福二年937年，段思平联络三十七部灭大义宁国，建立大理国政权。大理国政权基本上承袭了南诏以来的疆界，行政区划设有八府、四郡、三十七部，实行封建农奴制专政。大理国政权在云南的统治基本与中原的宋朝相始终。大理王向宋朝称臣纳贡，其首领先后被宋朝封为云南八国郡王、大理王等，并成为南宋王朝抵御蒙古贵族西部战线的助手。大理国政权始终保持着对宋王朝的臣属关系。
元明时期
元朝
1253年，忽必烈率大军乘革囊渡金沙入云南，灭大理国，1260年，设“大理国总管”。1276年，忽必烈选派赛典赤·赡思丁来云南建立云南行省，任赛典赤为“云南行中书省平章政事”，省会中庆路昆明，清查户口，编定赋役，自此昆明取代大理成为云南的政治中心，云南完全纳入了元朝的统一治理范围，“云南”一名便正式作为行省一级的机构出现在历史上。[12]此后元朝封也先贴木儿为云南王，1290年封皇孙甘麻剌为梁王，云南王镇大理，梁王管辖全省，云南实际上存着行省与诸王府两套政权。
元王朝在云南行省之下设置路、府、州、县等各级行政机构。除“蛮夷”聚居的地区实行土官制度宣慰司、宣抚司、土知州等而外，基本上实行和内地一样的行政区划和政治制度。至元二十年1283年，开始在云南建立军事屯田，军事屯田的任务主要由蒙古、色目、契丹等民族组成的军队承担。[14]
蒙古、回回移民入滇，即将制炮术、采矿术、医药、天文历法等一些先进知识随同带入。[16]伊斯兰教在云南进入空前发展时期。回回人亦与当地人进行通婚和融合。[12]元代以前迁入云南的汉族移民，主要聚居在郡县治地。[15]
明朝
主词条：三征麓川
明朝建立后，明朝先后五次派遣使者入滇劝降，两次使臣被杀，劝降无果。洪武十四年1381年8月，朱元璋发布征云南诏令，命傅友德为征南将军、蓝玉为征南左副将军、沐英为征南右副将军。9月，自南京出发，兵分两路，从北、东两个方向大举向云南挺进。洪武十五年正月，昆明城被攻破，洪武十五年闰二月，大理城被攻破。至此，云南全境基本平定。[17]
明朝政府调整了对云南的管理方案，大量撤县并州[18]，洪武十五年1382年建立了承宣布政使司、提刑按察使司，实施了“土流并治”，“移民实滇，开发生产”[19]，平滇军队、戍边屯垦卫所军卒及其家属大多落籍云南。[13]洪武中期，明朝进行了大规模调军云南，屯种听征、组建卫所、屯田镇戍的军事移民活动。。明代初年，云南户口有59576户，到万历初年已增至471048户，其中军户总计335426户。[14]
云南内地设府、州、县，实行以流官为主的统治，在边远地区则建立宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司、“御夷”府州等，全由土司管辖。矿冶业迅速发展，银、铜的产量居全国第一。[12][17]
明初开始，随着中央政权统治的深入，入迁的人口源源不断，除少数偏远的民族聚居区外，“夷化”过程基本中断。进入云南的汉族以聚居的形式分布于各重要地区，并在与当地各族的交流来往中发挥主体作用和影响，经相互融合而形成具有鲜明地方特点的云南汉族群体，[16]“夷人”汉族移民相互依存、相互交流、相互帮助、相互融合为形成“云南人”。
明代云南西南的“白夷”傣族贵族思伦发、思任发、思机发数次积聚力量，试图建立“麓川王国”，与明朝抗衡。明朝分别于1441年、1443年、1448年发动了征伐麓川的军事行动。嘉靖年间1522－1566，缅甸洞吾王朝对云南西部边疆的侵略活动愈演愈烈，侵占了滇西大片土司地方，并进犯姚关。1583年，明朝廷命邓子龙等率军前往云南抵抗。在今施甸姚关地区打败缅军，阻止了其进一步的侵犯。后十余年，明朝军队与洞吾军队长期征战于陇川、猛卯、猛密、蛮莫、孟养之间。[20]
明末，以李定国为代表的大西军，曾拥护流亡皇帝永历帝以昆明为根据地为抗击清军。
清朝时期
主词条：云南回民起义、重九起义
清顺治十六年1659年吴三桂进攻云南，永历帝及其随员逃至缅甸。康熙元年1662年，永历帝朱由榔及其子被吴三桂从缅甸逮回，绞死在昆明金蝉寺，明朝最后一代王朝覆灭。清康熙年间，吴三桂的叛乱被粉碎。
清朝沿袭明朝制度，在云南设承宣布政使司。滇南的元江府、普洱府等地，明代王朝势力尚未深入。清兵入滇，元江土知府那嵩抗清失败，顺治十七年1732年改设流官。雍正二年1724年威远改土归流，雍正九年1731年设置普洱府。雍正十年1732年设置他朗通判。[14]
雍正年间鄂尔泰推行“改土归流”，边疆部分地区仍保留土司制度。清代前中期对云南地区实施的府州升降、卫所裁并和改土归流等行政、疆域调整，在云贵地区系统地建立起中央行政管理和社会控制体系，并为外来移民的全面进入和深入开发创造了重要条件，对云南社会历史产生重大影响。[21]
雍正时期云南布政司领府23、直隶同知1、州31、土府、州各1，主要统治重心区域的行政设置基本沿袭前明，但土司、土官的建制数目比明代明显减少。[22]康熙六年1667年至嘉庆二十四年1819年间，云南地区有16个府级行政单位发生建置变动，调整面达到雍正朝全省府级数的667％。[23]雍正四年、五年1726、1727年，原隶四川的东川、乌蒙和镇雄三府经改土归流后分别划入云南，基本奠定了现代滇东北行政区划格局。[24]到嘉庆年间云南共领府14、直隶州4、直隶厅4。
乾隆朝对云南农业的开发[25]，保证了云南社会的稳定与经济发展，促进了云南人口的稳步增长。[26]清朝时期大量移民入滇，康熙朝开始在云南实行的“放本收铜”政策[27]，带动了交通业、商业等相关产业的发展。使汉文化在云南得到广泛和深入的传播，云南在政治、经济、文化等方面与中原结成一个整体。[16]
鸦片战争后，法国强迫清政府签订《中法会订越南条约》，将云南划为法国的势力范围，蒙自、蛮耗、河口等地被划为商埠，从领土主权、矿产开发到经济贸易等各个方面对云南边境进行侵略。[28]法、英两国对云南的强侵豪掠，使得云南边境告急。
咸、同年间，云南发生回民杜文秀起义，滇西、滇中、滇南均有战火。清朝末年，云南省为300余万两，岁出约需600余万，每年除由部库拨款及各省协济160余万元，尚不敷100余万。
1910年，滇越铁路全线通车，改善了云南对外交通运输条件，推动了云南经济尤其是矿业的发展。锡成为云南对外贸易的支柱产品，锡业代替铜业成为云南矿业的命脉，促进云南煤业的发展。矿业中心从滇东北地区转移到滇越铁路沿线地区，形成滇越铁路沿线矿业带，滇越铁路沿线矿业带也成为近代云南矿业最发达地区。但通过滇越铁路，法国滇越铁路公司获取了高额利润[29][30]。[31][32]
宣统三年1911年10月30日，发动了昆明起义重九起义，组建云南大汉军政府，同月27日、及11月1日先后爆发了腾越、滇南起义，三次起义都取得了胜利，全省迅速光复。
民国时期
主词条：护国运动、中国远征军、滇军
民国创立，省自为政，协饷停止，在民国初期及蔡锷任军都督时期，采取了一系列有效措施，开源节流，整顿财政。[28]民国四年1915年2月25日，蔡锷、唐继尧等领导发动了护国运动。民国十七年1928年，废道设省。民国政府对云南土司采取怀柔政策，并未进行强制性改土归流。[33]
民国十八年1929年，蒋介石任命龙云为云南省政府主席等，以龙云为首的云南地方实力派统治在云南确立。
抗日战争全面爆发后，云南成为全国抗战的大后方，是安置内迁企业和发展战时工业的基地，云南先后派出20万云南军队开赴台儿庄、武汉等前线抗战，投入10万多民工抢修滇缅公路。1942年，日军占领东南亚后，云南联结东南亚的滇越铁路、滇缅公路相继中断，云南对外贸易量锐减。云南作为战略物资的重要输入线，传统驿运有所恢复[34]。[35]缅甸沦陷后，开辟中印航空线，同时开筑中印公路。
1944年5月开始，中国军队浴血反攻，相继收复腾龙地区。
抗战胜利后，1945年10月，蒋介石免除龙云的云南省主席职务，龙云逃亡香港。[36]中共云南地方党组织全面开展了组织、发动民众，武装夺取政权的斗争，组建了“中国人民解放军桂滇黔边区纵队”。
新中国成立后
主词条：卢汉云南起义
1949年，在党的统一领导下，解放了61个县城，建立了14块根据地。同时，解放军野战军挥师南下。12月9日，卢汉率部在昆明起义，云南宣告和平解放。
1950年2月24日，云南完全获得解放。3月，云南省人民政府成立。
1951年3月，云南省第一个专区级民族民主联合政府宁洱专区成立。